Монастырь был основан в конце 14 века преподобным Арсением Коневским из Новгорода Великого. В 1398 году была заложена церковь во имя Рождества Богородицы, располагавшаяся на берегу Ладоги. Однако, уже в 1421 году, из-за наводнения, Арсений переносит монастырь на более высокое место, где он находится и по сей день. Дважды, в 1577 и 1610 годах, шведы захватывали остров. Коневские иноки вынуждены были покинуть монастырь и обосноваться в Деревяницком Воскресенском монастыре под Новгородом. После разорения в 1610 году, остров Коневец до победоносного для России окончания Северной войны, находился под шведским владычеством, собор был практически разрушен. Сохранившиеся сегодня постройки были возведены, в основном, в 19 и начале 20 века. На эту пору и приходится самый расцвет монастыря. Сюда приезжали император Александр II с семьей и свитой, писатели Лесков, А. Дюма, Ф. Тютчев и Немирович-Данченко. Во время переворота 1917 года монастырь не пострадал, так как оказался на территории получившей независимость Финляндии.