Начиная с 1819 г. среди авторов закрепилось единое суждение, что костел Св. Анны это памятник готической архитектуры мирового значения. Первые сведения о деревянном костеле Св. Анны датируются 1394 г. Полагают, что каменный костел Св. Анны построен в 1495-1500 гг. и освящен 22 05 1501 г. Меценатом костела был Великий князь Литовский Александр (1460-1506). Хотя настоящий автор костела неизвестен, предполагают, что это творение архитектора Николая Энкингера, восстановившего в 1501-1507 г. ансамбль костела и монастыря Бернардинцев. По мнению профессора Вильнюсского университета Моравскиса, в архитектурном смысле костел Св. Анны это произведение позднего готического стиля Франции и Фламандии, широко распространившегося в Нидерландах в XVI в. В современной Бельгии можно найти множество примеров подобного готического стиля. Форма костела удлиненная, это здание длиной 22 м и шириной 10 м. Композиция фронтона величайший шедевр архитектуры. Три его грациозные башни изящной формы устремлены в небо, а в целом ансамбль являет собой очаровательную гармонию. В строительстве храма было использовано 33 типа желтого фасонного кирпича.